Pemilihan kepala desa pada tahun 2020 akan dilakukan dengan pemilihan secara elektornik (e-voting). Pelaksanaan Pilkades dengan e-voting yang akan dilaksanakan secara serentak di Kabupaten Sleman ini, sangat berbeda dengan pemilihan kepala desa sebelum-sebelumnya, jika pada pilkades serentak pada tahun 2015 pemilih harus membawa undangan yang kemudian ditukar kartu suara di TPS dan mencoblosnya dibilik suara, kemudian dilakukan penghitungan secara manual yang memakan banyak waktu, maka pada pilkades serentak tahun 2020 tidak diperlukannya lagi kartu suara, perhitungan kartu suara dan kotak suara. Dengan metode e-voting kartu suara sudah ada dalam bentuk file dan demikian pula proses perhitungan suara hasil Pilkades secara otomatis terhitung dalam rekapitulasi hasil pemilihan.
Pelaksanaan Pilkades dengan menggunakan metode e-voting ini akan memberikan keuntungan, dari sisi waktu akan lebih efisien karena banyak memangkas tahapan kegiatan, dari berkurangnya proses pencetakan, penyusunan kartu suara hingga perhitungan kartu suara, dengan demikian maka material yang dipergunakan dan sumber daya manusia pun semakin ringkas dan hemat. Secara teknis, pemilih ketika datang akan menyerahkan KTP-EL ke petugas, kemudian dilakukan pemindaian oleh petugas, setelah data dipastikan benar, pemilih diberikan sebuah smartcard kemudian didalam bilik suara pemilih melakukan pemindaian terhadap smarcard yang kemudian menampilkan kandidat calon kepala desa, pemilih tinggal menyentuh layar untuk memilih calon, setelah yakin dengan pilihannya kemudian melakukan verifikasi. Dengan metode e-voting ini akurasi bisa di jamin sehingga proses kesalahan dalam memberikan suara dapat diminilisir, demikian pula waktu pelaksanaannya sejak persiapan sampai dengan tahap pengesahan hasil tidak memerlukan waktu lama sehingga masyarakat dapat melihat hasil pelaksanaan pilkades dengan cepat, bahkan panitia penyelenggara Pilkades segera dapat menetapkan Kades terpilih jika tidak terjadi tuntutan atau persengketaan dalam pelaksanaannya.
Mengingat waktu pelaksanaan yang tinggal beberapa bulan kedepan, pemerintah daerah diharapkan segera menyiapkan perangkat keras maupun perangkat lunak untuk pelaksanaan pilkades tersebut, seperti telah diketahui bahwa pemerintah daerah telah menganggarkan untuk pengadaan alat e-voting sebesar 26 milyar belum termasuk anggaran pelaksanaannya, padahal hal yang tidak kalah penting adalah bagaimana melakukan sosialisasi ke masyarakat tentang perubahan metode pemilihan kepala desa dari konvensional ke e-voting dari mencoblos berubah dengan menyentuh layar, bagaimana caranya meningkatkan partipasi warga desa dalam menggunakan hak pilih, terutama bagi pemilih yang sudah lanjut usia dan buta sama sekali dengan penggunaan teknologi informasi. Demikian pula perlu penjelasan kepada masyarakat terkait dengan kekhawatiran dari sisi keamanan data, dengan penerapan teknologi e-voting maka semua kegiatan yang dilakukan pemilih akan tercatat dengan rapi didalam database, kapan ia datang, melakukan pemindaian dan memberikan pilihan kepada siapa, sehingga harus ada garansi data tersebut tidak dibuka oleh orang yang tidak memiliki otoritas. Dengan demikian maka prinsip pemilihan yang langsung umum bebas dan rahasia (Luber) dan Jurdil tetap terpenuhi.